日本初の唐寺で、黄檗宗発祥の地であり、煎茶文化を日本に伝えた隠元隆琦を招聘した寺院でもある。
はじめは唐船の航海の女神・媽祖を祀るための小庵だったが、来航唐人による多額の寄進により、諸堂の建立・維持が行われた。